Observatoire des nocardioses


Activités (expertises et recherche) dans le cadre de l’Observatoire Français des Nocardioses

Décrites pour la première fois par Edmond Nocard en 1888, les Nocardia sont des actinomycètes aérobies stricts possédant un mycélium vrai, ramifié et septé. Longtemps, les aspects morphologiques, microscopiques et macroscopiques, couplés à quelques caractères physiologiques ont été retenus pour établir la taxonomie des actinomycètes. L’identification classique des actinomycètes repose sur le système chimiotaxonomique de Lechevalier qui permet de distinguer dix chimiotypes. Ce système est basé sur la présence d’acides aminés pariétaux (acide 2,4-diaminobutyrique, acide 2,6-diaminopimélique (meso-DAP), glycine, lysine, ornithine, acide aspartique) et de lipides pariétaux (acides gras, phospholipides, ménaquinones, acides mycoliques), ainsi que de sucres cellulaires (arabinose, galactose, madurose, xylose), la présence majoritaire de l’un ou l’autre (ou plusieurs) de ces éléments pouvant être caractéristique d’un genre particulier et définissant des types pariétaux ou des profils saccharidiques ou lipidiques spécifiques.
L’addition de critères phylogénétiques et biochimiques a permis de rapprocher le genre Nocardia des genres Rhodococcus, Gordonia, Tsukamurella, Dietzia, Skermania, Mycobacterium et Corynebacterium au sein d’un groupe supragénérique d’actinomycètes nocardioformes.

Parmi les infections (hors tuberculose) dues aux actinomycètes aérobies, la nocardiose est, en France, de beaucoup la plus fréquente. Il s’agit une infection, localisée ou disséminée, qui résulte généralement de l'inhalation des germes, responsables d’infections pulmonaires et, plus rarement, d’une contamination traumatique, à l'origine de localisations cutanées, oculaires, etc. Chez les patients présentant des facteurs de prédisposition, les infections primaires pulmonaires sont suivies, dans plus de la moitié des cas, d’une dissémination secondaire par voie hématogène, touchant avec prédilection le système nerveux central et le tissu sous-cutané (mais tous les autres organes peuvent être également atteints).
La nocardiose affecte principalement les sujets immunodéprimés. Les facteurs de prédisposition sont principalement représentés par les traitements immunodépresseurs, en particulier par les corticostéroïdes, les affections néoplasiques, les transplantations d’organes, les maladies broncho-pulmonaires chroniques, les maladies auto-immunes et le SIDA. L’observation de cas en l’absence de tout facteur prédisposant n’est pas exceptionnelle (jusqu’à 30 % des cas, selon les études), au cours desquels l’infection survient généralement après contamination traumatique de la peau et demeure localisée.

La complexité bactériologique des Nocardia et le caractère occasionnel de leur isolement a longtemps conduit à considérer la nocardiose comme une maladie rare. La fréquence de la nocardiose reste encore imprécise, mais une enquête réalisée en 1992 par notre Laboratoire a permis d’estimer qu’environ 150 à 250 cas de nocardiose sont diagnostiqués chaque année en France. L’incidence réelle pourrait être plus élevée, du fait d’un « index de suspicion » bas (confusion avec d’autres affections, pathologies intercurrentes masquant parfois le diagnostic). De fait, le nombre de cas répertoriés par notre Laboratoire augmente chaque année de plus de 50 % en moyenne depuis 10 ans. L’augmentation apparente de l’incidence de la nocardiose peut être expliquée par l’accroissement du nombre et de la sévérité des situations d’immunodépression, et aussi probablement par une amélioration du diagnostic.

Les problèmes posés par la nocardiose et plus généralement par les infections à actinomycètes aérobies (en dehors du genre Mycobacterium) sont de différents ordres: épidémiologiques, physiopathologiques, diagnostiques, thérapeutiques.
L'objectif que nous nous sommes fixés a donc été :
- de développer des méthodes permettant de mieux appréhender la phylogénie, la taxonomie et l’identification au sein du genre Nocardia et au sein de la famille des actinomycètes notamment par des approches moléculaires pouvant constituer une alternative aux méthodes classiques d'identification,
- de mieux appréhender la biodiversité des souches de Nocardia et les aspects épidémiologiques de cette infection en développant et validant des outils reproductibles et discriminants pour le typage infraspécifique des souches de Nocardia,
- l’ensemble de ces travaux de recherche sont sous-tendus par notre activité d’expertise et de surveillance épidémiologique pérennisées au sein de l’Observatoire Français des Nocardioses dont nous assurons l’entière gestion, scientifique, technique et économique, et que nous présenterons en premier lieu.


L’Observatoire Français des Nocardioses est un service totalement intégré et le plus développé au sein du plateau technique PAR-MIC du pôle Envirhônalp, composante importante du Pôle de compétitivité « Chimie – Environnement ». Deux autres services sont en projet d’intégration au PAR-MIC : un Centre de Ressource Biologique et l’Observatoire Rhône-Alpin des Microflores Naturelles, ainsi qu’un réseau de laboratoires du cluster Environnement, etc. Destiné à analyser, d’une manière globale, le risque microbiologique et la diversité microbienne, et à favoriser l’émergence d’actions conjointes EPST - Université et partenaires socio-économiques, le PAR-MIC bénéficie du soutien de l’action INGEMA (aide à l’émergence de start-up en collaboration avec le C.N.R.S.), de l’U.C.B.L., du cluster Environnement, et est en attente des soutiens de la région Rhône-Alpes et du C.N.R.S.


Les Actinomycètes


Notre laboratoire s'est spécialisé dans l'identification et l'étude des actinomycètes aérobies (Nocardia, Rhodococcus, Gordonia, Tsukamurella, Dietzia et Streptomyces). A partir des données recueillies sur les sujets porteurs des ces infections, nous réalisons un important travail d'analyse épidémiologique dont vous trouverez le résultat ci-dessous. 
Pour optimiser la fiabilité de ce bilan épidémiologique, merci de prendre le temps de remplir soigneusement la fiche de renseignements à imprimer ou le formulaire de renseignements lors de tout envoi d'échantillon à notre laboratoire. 


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