Positionnement au sein de l’U.M.R. C.N.R.S. 5557 Ecologie Microbienne

  

Notre Laboratoire est désormais contractualisé depuis le 1er janvier 2003 avec l’U.M.R. C.N.R.S. 5557 Ecologie Microbienne, associée avec l’INRA (U.S.C. INRA 1193), responsable R. Bally. Notre équipe « Bactéries Pathogènes Opportunistes et Environnement » (BPOE) est intégrée à un Réseau Thématique de Recherche Avancée (RTRA) dans le cadre du projet « Innovation thérapeutique en infectiologie » par l’intermédiaire du PAR-MIC au sein duquel se situe les activités de l’Observatoire Français des Nocardioses (OFN).

Extrait de la Déclaration de politique scientifique du Directeur de l’U.M.R. C.N.R.S 5557 Ecologie Microbienne pour la période de contractualisation 2007 - 2010.
L’UMR constitue aujourd’hui un centre de recherche unique en France par la nature des compétences qui sont maintenant rassemblées autour d’un pôle d’Ecologie Microbienne. Elle a, par sa croissance en effectif, atteint ce qu’il est convenu d’appeler une « masse critique ». Elle est également parvenue à un tournant dans la mesure où le moment est venu pour de jeunes équipes en émergence de prendre leur essor dans le cadre de l’UMR.

Positionnement scientifique
L'Ecologie Microbienne se situe à l'interface de la Microbiologie, de l’Ecologie et des autres disciplines concernant l'homme, l'animal, la plante, le sol et l'eau. Elle s’intéresse aux mécanismes des interactions biotiques (de la symbiose au parasitisme, y compris au niveau des réactions de l'hôte), au fonctionnement microbien des écosystèmes, et vise l'exploitation des activités microbiennes dans les domaines de l'agronomie, l'environnement, la santé et l'industrie. De plus, les microorganismes constituent un matériel de choix pour des études de populations, de stratégies adaptatives, d'évolution, et un pool de gènes aux potentialités multiples. D'importants enjeux de société interpellent les écologistes microbiens, non seulement dans le domaine de la santé humaine, animale et végétale, mais aussi dans le domaine de l'environnement, des biotechnologies et de l'écologie (sols, roches profondes, milieux aquatiques). […]

Les axes de recherche

L’Ecologie Microbienne, ces dernières années, s’est développée grâce à de nouvelles approches méthodologiques, et à l’émergence de nouveaux concepts. Un effort particulier a été fait au niveau de notre UMR pour apporter des éléments de réponse aux questions nombreuses concernant (i) la diversité microbienne et le fonctionnement des écosystèmes, (ii) l’implication des microorganismes dans les cycles biogéochimiques, (iii) les interactions microorganismes/hôte et les phénomènes d’adaptation, de communication chimique et de dynamique des génomes, (iv) les transferts génétiques horizontaux et leur impact sur l’environnement, et (v) la génomique et la métagénomique. Enfin, ont émergé depuis ces quatre dernières années des questions concernant le maintien, l’émergence ou la ré-émergence de microorganismes pathogènes dans l’environnement, et le rôle des microorganismes dans le domaine de la santé humaine, animale et végétale.
Ces axes de recherche devraient permettre de rassembler les équipes de l'unité autour de champs disciplinaires porteurs et novateurs, à des échelles différentes, en relation avec la génomique et la protéomique, la phylogénie et l’évolution, l’environnement et le fonctionnement des écosystèmes.
Parallèlement à ces grandes lignes de politique scientifique, les équipes de l’UMR entendrent poursuivre et faire évoluer leurs recherches dans les différents domaines qui leur sont propres, à savoir la symbiose actinorhizienne, la symbiose mycorhizienne, les symbioses associatives des PGPR, les groupes fonctionnels impliqués dans le cycle de l’azote, les bactéries pathogènes opportunistes et l’environnement, la spéciation et la notion d’espèce chez les bactéries.